Тема милосердия, чести была для Пушкина принципиальной. Она была тесно связана с другим, более глубоким вопросом: как жить в истории? За что держаться? В «Капитанской дочке», законченной за несколько месяцев до смерти, на этот вопрос был дан ответ. В романе нигде честь не противоречит совести.
Весь последний роман Пушкина проникнут духом милосердия. Центральная сюжетная линия романа — история взаимоотношений Гринева и Пугачева — это прежде всего история милосердия. Вспомним первую встречу героев. Пугачев вывел заблудившегося во время бурана Гринева к постоялому двору. Люди, пережившие только что неприятное, опасное приключение, чувствуют особую общность, вдруг объединившую их. Гринев предлагает Пугачеву чай, а после, по просьбе последнего, и стакан вина. Наутро Гринев еще раз благодарит Пугачева. Тут впервые промелькнуло между офицером Гриневым и беглым казаком Пугачевым нечто иное... Поэтому и радуется вожатый подарку, поэтому и такое теплое напутствие: «Спасибо, ваше благородие! Век не забуду ваших милостей».
И через все остальные встречи Гринева и Пугачева основной темой идет именно тема милосердия. При занятии Белогорской крепости Пугачев, узнав Гринева, тут же помиловал его, спас от смертной казни. Но сколь несоразмерна услуга и воздаяние: стакан вина и заячий тулуп и... жизнь, подаренная офицеру противного войска. Разглядел однажды Гринев человека в Пугачеве, обратился к этому внутреннему человеку — и не может забыть этого Пугачев.
И при третьей встрече, во всех перипетиях откровенного и рискованного диалога, который ведут герои, опять милосердие. «О чем, ваше благородие, изволил задуматься? — Как не задуматься, — отвечал я ему. — Я офицер, дворянин; вчера еще дрался против тебя, а сегодня еду с тобой в одной кибитке, и счастие всей моей жизни зависит от тебя».
Для выявления все той же темы милосердия служит и история урядника Максимыча. Персонаж обрисован скупо. Капитан Миронов не доверяет уряднику. Именно Максимыч укажет Пугачеву, кто комендант крепости. И именно этот урядник, воевавший среди нападающих казаков Пугачева, во время схватки под Оренбургом передаст Гриневу, воевавшему на противоположной стороне, письмо от Марьи Ивановны. Простил Гринев Максимычу украденную полтину денег, простил без всякого расчета, по чистому милосердию, и тот отплатил сторицею.
Довольно устойчива в «Капитанской дочке» тема милосердия к врагу, к Швабрину. После дуэли Гринев прощает Швабрину все его оскорбления. В Белогорской крепости, вырвав из рук предателя с помощью Пугачева Марью Ивановну, Гринев не хочет торжествовать над поверженным врагом. Реабилитация Гринева, обвиненного по ложному свидетельству Швабрина, в финале романа тоже следствие милосердия. Не закон, не формальное судоразбирательство спасают героя от позора, а именное повеление императрицы.
Все в романе полно милосердия и подчеркивает основные христианские добродетели: верность, благородство, жертвенность, послушание, способность крепко любить.