История Понтия Пилата и Иешуа составляет сюжет «романа в романе» — произведения, написанного Мастером. Так сложно построен роман М.А. Булгакова «Мастер и Маргарита», в котором писатель дает свою версию библейских событий. Они отличаются от оригинальных: в них есть сцена допроса Иешуа — Христа — Пилатом и сцена казни. Но образ Пилата интересует Булгакова не меньше образа бродячего философа. Он раскрывается не сразу — вначале Пилат мучается тяжелой мигренью и не слишком внимателен к арестованному. Но затем мы видим, как он озадачен, как его обуревает целая гамма чувств: интерес к проповеднику, нежелание быть его палачом, страх немилости императора Тиверия. Он пытается спасти Иешуа, даже угрожает первосвященнику, утвердившему помилование другого осужденного, затем старается облегчить Иешуа муки смерти на кресте.
Наконец, он приказывает Афранию убить Иуду, отомстив ему за предательство.
Для чего он это делает? Почему так важны для Пилата последние слова казненного? Он жадно читает записки Левия Матвея — разобрав слова о том, что нет большего порока, чем трусость, он вздрагивает, понимая, что это слова о нем. И тоскливая для него мысль о чьем-то непременном бессмертии не дает ему покоя. Воланд говорил Мастеру, что «рукописи не горят». Но не горят и слова, записанные Левием на пергаменте, и получается, что слова Воланда относятся и непосредственно к Пилату. Его трусость сохранена на скрижалях истории, его бессмертие — не бессмертие подвига Иешуа, а бессмертное чувство вечной вины.
Пилат пытается уйти от себя, от своей совести, убеждая себя в том, что этой «пошлой казни» не было, но теперь он неотделим от Иешуа как виновник его гибели. Путешествие с Иешуа по лунной дорожке будет сниться Пилату как освобождение от страшной реальности, но тем более жестоко возвращение в нее и осознание все того же чувства вечной вины — перед Историей.
Булгаков дает Мастеру возможность простить своего героя и завершить роман одним словом: «Свободен!», позволив Пилату пройти рядом с Иешуа по лунной дорожке. Но суд Истории не так великодушен, и имя Понтия Пилата, свирепого правителя Иудеи, осталось в ней навсегда как имя убийцы, осудившего Христа на мучительную казнь.